Comme toute école supérieure sous la tutelle du ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche scientifique, l’Ecole Supérieure des Sciences de l’Aliment et des Industries Agroalimentaire fonctionne selon les modalités de l’organigramme publié dans le journal officiel N°17 du 18 Mars 2018 relatif au fonctionnent des école supérieures de l’enseignement supérieur.

L’ESSAIA dispose d’un secrétariat général et des sous direction des études, des relations extérieures et de la post graduation